# Sridhar Ramachandran # sramacha@cs.wright.edu # 04/21/2005 # Murugan Samarpanam # This script checkes the GC content of the Consensous ALUs. #!/bin/perl open(alurepeats ,'alu-225-repeats'); # OPENS THE ALU FILE #open(alurepeats ,'testpattern.txt'); @filelines = ; # GATHERS ALL THE LINES IN THE FILE open (AluGCdata , ">alugcdata_age_cpg.txt"); # open a file to record data $seenanalu = 0; $gotGC = 0; $checkcnt = 0; $gotaC = 0; $gotCpG = 0; foreach $filelines (@filelines) # INVESTIGATES ON EACH LINE IN THE ALU FILE { chomp; $filelines =~ s/^\s+//; # Trims the white space in the start if any $filelines =~ s/\s+$//; # Trims the white spaces from the end if any #------------ Searches for ALUs ------------ if ( $filelines =~ /^ALU/) { $checkcnt = &getnum("$filelines"); $checkcnt = $checkcnt-1; print AluGCdata $checkcnt; print AluGCdata ";"; $aluage = &getage("$checkcnt"); print AluGCdata $aluage; print AluGCdata ";"; print AluGCdata $filelines; $seenanalu = 1; next; } # End of If $filelines = /^ALU/ #------------------------------------------- #----------- Take in the Alu seq ----------- if ($seenanalu == 1) { $lengthofalu = length($filelines); # Get the length of the Alu @basepairs = split (//,$filelines); # Get each base from the sequence $keepingAcount = $lengthofalu; foreach $basepairs(@basepairs) { $keepingAcount = $keepingAcount - 1; #print $keepingAcount; #print "\n"; # a record of how many nucleotides remain if ($gotaC == 1) # Searches for a CpG { #print "\n I am here \n"; if ($basepairs eq 'G') # Got a CpG { $gotaC = 0; # resets the got a C value $gotGC = $gotGC - 1; # deducts the C $gotCpG = $gotCpG + 1; # records the CpG #print "\n $basepairs I found a CpG \n"; next; # quits the loop } # if ($gotaC eq 1) else # so it wasent a CpG afterall { if ($basepairs eq 'C') # Double C eh!! { $gotGC = $gotGC+1; $gotaC = 1; # keeps a hope on for cPg } # if ($basepairs eq 'C') else { $gotaC = 0; } } # end of it wasent a CpG a=fterall } # if ($gotGC eq 1) else { #print "\n $basepairs I am here at this time \n"; if ($basepairs eq 'C') # Searches for a C { if ($keepingAcount ne 0) { $gotaC = 1; } # if this is the last nucleotide then there is no hope for a CpG $gotGC = $gotGC+1; # increment the GC count anyway # if CpG is found we shall deduct this away } # if ($basepairs eq 'C') elsif ($basepairs eq 'G') # Searches for a G { $gotaC = 0; $gotGC = $gotGC+1; } # if ($basepairs eq 'G') else { #print "\n $basepairs I am resetting the gotaC \n"; $gotaC = 0; } # oh well if was some other nucleotide eh! } # end of else if $gotaC = 1 } # foreach $basepairs(@basepairs) # ---- Calculations ---------------- $gcpercent = 0; # Reset #print $gotCpG; #print "\n"; $lengthofalu = $lengthofalu - (2*$gotCpG); #print $gotCpG; #print "\n"; #print $lengthofalu; # corrects the length for the CpG exclusions $gcpercent = 100 * ($gotGC/$lengthofalu); print AluGCdata ";"; print AluGCdata $gcpercent; print AluGCdata ";"; print AluGCdata $gotCpG; print AluGCdata "\n"; #----------------------------------- $seenanalu = 0; $gotGC = 0; $gotaC = 0; $gotCpG = 0; } # End of if $seenanalu = 1 #------------------------------------------- } # End of Foreach @filelines # closes the data output file close (AluGCdata); print "\n"; # CLOSES THE ALU FILE close(alurepeats); #========================================================== # SUBROUTINE TO GET THE ALU NUMBER # ALU NUMBER IS RETURN VALUE - 1 sub getnum { chomp(@_) ; if ( $_[0] eq 'ALUSX') { $_ = 1;} if ( $_[0] eq 'ALUY') { $_ = 2;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_2') { $_ = 3;} if ( $_[0] eq 'ALUSP') { $_ = 4;} if ( $_[0] eq 'ALUSC') { $_ = 5;} if ( $_[0] eq 'ALUYA5') { $_ = 6;} if ( $_[0] eq 'ALUYB8') { $_ = 7;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_2') { $_ = 8;} if ( $_[0] eq 'ALUYB3A2') { $_ = 9;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_2') { $_ = 10;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_2') { $_ = 11;} if ( $_[0] eq 'ALUYE5') { $_ = 12;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_3') { $_ = 13;} if ( $_[0] eq 'ALUYG6') { $_ = 14;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_2') { $_ = 15;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_3') { $_ = 16;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_4') { $_ = 17;} if ( $_[0] eq 'ALUY_2') { $_ = 18;} if ( $_[0] eq 'ALUYI6') { $_ = 19;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_2') { $_ = 20;} if ( $_[0] eq 'ALUY_3') { $_ = 21;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_5') { $_ = 22;} if ( $_[0] eq 'ALUY_4') { $_ = 23;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_3') { $_ = 24;} if ( $_[0] eq 'ALUY_5') { $_ = 25;} if ( $_[0] eq 'ALUY_6') { $_ = 26;} if ( $_[0] eq 'ALUY_7') { $_ = 27;} if ( $_[0] eq 'ALUYB3A2_2') { $_ = 28;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_4') { $_ = 29;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_3') { $_ = 30;} if ( $_[0] eq 'ALUY_8') { $_ = 31;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_3') { $_ = 32;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_5') { $_ = 33;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_3') { $_ = 34;} if ( $_[0] eq 'ALUY_9') { $_ = 35;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_6') { $_ = 36;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_4') { $_ = 37;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_2') { $_ = 38;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_4') { $_ = 39;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_7') { $_ = 40;} if ( $_[0] eq 'ALUY_10') { $_ = 41;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_5') { $_ = 42;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_6') { $_ = 43;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_4') { $_ = 44;} if ( $_[0] eq 'ALUY_11') { $_ = 45;} if ( $_[0] eq 'ALUY_12') { $_ = 46;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_5') { $_ = 47;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_6') { $_ = 48;} if ( $_[0] eq 'ALUY_13') { $_ = 49;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_6') { $_ = 50;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_7') { $_ = 51;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_8') { $_ = 52;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_3') { $_ = 53;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_4') { $_ = 54;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_5') { $_ = 55;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_7') { $_ = 56;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_8') { $_ = 57;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_7') { $_ = 58;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_6') { $_ = 59;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_9') { $_ = 60;} if ( $_[0] eq 'ALUJO') { $_ = 61;} if ( $_[0] eq 'ALUJB') { $_ = 62;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_4') { $_ = 63;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_5') { $_ = 64;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_6') { $_ = 65;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_7') { $_ = 66;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_5') { $_ = 67;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_8') { $_ = 68;} if ( $_[0] eq 'ALUSZ_2') { $_ = 69;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_8') { $_ = 70;} if ( $_[0] eq 'ALUSZ_3') { $_ = 71;} if ( $_[0] eq 'ALUSZ') { $_ = 72;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_9') { $_ = 73;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_10') { $_ = 74;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ') { $_ = 75;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_10') { $_ = 76;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_11') { $_ = 77;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_8') { $_ = 78;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_9') { $_ = 79;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_10') { $_ = 80;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_7') { $_ = 81;} if ( $_[0] eq 'ALUSG') { $_ = 82;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_8') { $_ = 83;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_9') { $_ = 84;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_10') { $_ = 85;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_9') { $_ = 86;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_11') { $_ = 87;} if ( $_[0] eq 'ALUY_14') { $_ = 88;} if ( $_[0] eq 'ALUY_15') { $_ = 89;} if ( $_[0] eq 'ALUY_16') { $_ = 90;} if ( $_[0] eq 'ALUY_17') { $_ = 91;} if ( $_[0] eq 'ALUY_18') { $_ = 92;} if ( $_[0] eq 'ALUY_19') { $_ = 93;} if ( $_[0] eq 'ALUY_20') { $_ = 94;} if ( $_[0] eq 'ALUYA1') { $_ = 95;} if ( $_[0] eq 'ALUY_21') { $_ = 96;} if ( $_[0] eq 'ALUY_22') { $_ = 97;} if ( $_[0] eq 'ALUY_23') { $_ = 98;} if ( $_[0] eq 'ALUY_24') { $_ = 99;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_12') { $_ = 100;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_13') { $_ = 101;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_14') { $_ = 102;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_10') { $_ = 103;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_11') { $_ = 104;} if ( $_[0] eq 'ALUY_25') { $_ = 105;} if ( $_[0] eq 'ALUY_26') { $_ = 106;} if ( $_[0] eq 'ALUY_27') { $_ = 107;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_15') { $_ = 108;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_12') { $_ = 109;} if ( $_[0] eq 'ALUYB9') { $_ = 110;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_6') { $_ = 111;} if ( $_[0] eq 'ALUY_28') { $_ = 112;} if ( $_[0] eq 'ALUYE5_2') { $_ = 113;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_7') { $_ = 114;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_16') { $_ = 115;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_17') { $_ = 116;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_11') { $_ = 117;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_18') { $_ = 118;} if ( $_[0] eq 'ALUY_29') { $_ = 119;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_19') { $_ = 120;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_12') { $_ = 121;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_13') { $_ = 122;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_14') { $_ = 123;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_13') { $_ = 124;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_14') { $_ = 125;} if ( $_[0] eq 'ALUY_30') { $_ = 126;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_15') { $_ = 127;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_16') { $_ = 128;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_8') { $_ = 129;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_15') { $_ = 130;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_9') { $_ = 131;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_10') { $_ = 132;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_16') { $_ = 133;} if ( $_[0] eq 'ALUY_31') { $_ = 134;} if ( $_[0] eq 'ALUY_32') { $_ = 135;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_11') { $_ = 136;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_12') { $_ = 137;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_20') { $_ = 138;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_9') { $_ = 139;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_17') { $_ = 140;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_21') { $_ = 141;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_10') { $_ = 142;} if ( $_[0] eq 'ALUY_33') { $_ = 143;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_22') { $_ = 144;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_18') { $_ = 145;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_17') { $_ = 146;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_23') { $_ = 147;} if ( $_[0] eq 'ALUY_34') { $_ = 148;} if ( $_[0] eq 'ALUY_35') { $_ = 149;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_11') { $_ = 150;} if ( $_[0] eq 'ALUY_36') { $_ = 151;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_12') { $_ = 152;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_11') { $_ = 153;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_19') { $_ = 154;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_20') { $_ = 155;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_12') { $_ = 156;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_13') { $_ = 157;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_21') { $_ = 158;} if ( $_[0] eq 'ALUY_37') { $_ = 159;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_24') { $_ = 160;} if ( $_[0] eq 'ALUY_38') { $_ = 161;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_12') { $_ = 162;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_13') { $_ = 163;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_25') { $_ = 164;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_14') { $_ = 165;} if ( $_[0] eq 'ALUY_39') { $_ = 166;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_14') { $_ = 167;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_15') { $_ = 168;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_13') { $_ = 169;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_22') { $_ = 170;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_26') { $_ = 171;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_14') { $_ = 172;} if ( $_[0] eq 'ALUY_40') { $_ = 173;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_16') { $_ = 174;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_27') { $_ = 175;} if ( $_[0] eq 'ALUY_41') { $_ = 176;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_23') { $_ = 177;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_15') { $_ = 178;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_24') { $_ = 179;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_16') { $_ = 180;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_13') { $_ = 181;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_25') { $_ = 182;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_17') { $_ = 183;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_15') { $_ = 184;} if ( $_[0] eq 'ALUY_42') { $_ = 185;} if ( $_[0] eq 'ALUY_43') { $_ = 186;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_26') { $_ = 187;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_16') { $_ = 188;} if ( $_[0] eq 'ALUY_44') { $_ = 189;} if ( $_[0] eq 'ALUSZ_4') { $_ = 190;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_18') { $_ = 191;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_19') { $_ = 192;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_27') { $_ = 193;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_18') { $_ = 194;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_28') { $_ = 195;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_20') { $_ = 196;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_17') { $_ = 197;} if ( $_[0] eq 'ALUSX_29') { $_ = 198;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_14') { $_ = 199;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_19') { $_ = 200;} if ( $_[0] eq 'ALUSG_28') { $_ = 201;} if ( $_[0] eq 'ALUY_45') { $_ = 202;} if ( $_[0] eq 'ALUY_46') { $_ = 203;} if ( $_[0] eq 'ALUY_47') { $_ = 204;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_21') { $_ = 205;} if ( $_[0] eq 'ALUJB_15') { $_ = 206;} if ( $_[0] eq 'ALUJO_22') { $_ = 207;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_20') { $_ = 208;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_21') { $_ = 209;} if ( $_[0] eq 'ALUSC_22') { $_ = 210;} if ( $_[0] eq 'ALUY_48') { $_ = 211;} if ( $_[0] eq 'ALUSQ_18') { $_ = 212;} if ( $_[0] eq 'ALUSP_17') { $_ = 213;} if ( $_[0] eq 'ALUYA8') { $_ = 214;} if ( $_[0] eq 'ALUYC2') { $_ = 215;} if ( $_[0] eq 'ALUYD2') { $_ = 216;} if ( $_[0] eq 'ALUYD3') { $_ = 217;} if ( $_[0] eq 'ALUYD3A1') { $_ = 218;} if ( $_[0] eq 'ALUYD8') { $_ = 219;} if ( $_[0] eq 'ALUYA4') { $_ = 220;} if ( $_[0] eq 'ALUYF1') { $_ = 221;} if ( $_[0] eq 'ALUYH9') { $_ = 222;} if ( $_[0] eq 'ALUYBC3A') { $_ = 223;} if ( $_[0] eq 'ALUYE2') { $_ = 224;} if ( $_[0] eq 'ALUYF2') { $_ = 225;} return $_; }; #================================================================== #================================================================== # SUBROUTINE TO GET THE ALU AGE FROM THE NUMBERS sub getage { chomp(@_) ; #---------------------1--------------------- if ($_[0] eq 60){ $_ = 1;} #---------------------2----------------------- if ($_[0] eq 61){ $_ = 56;} if ($_[0] eq 2 ) { $_ = 56;} if ($_[0] eq 28){ $_ = 56;} if ($_[0] eq 66){ $_ = 56;} #---------------------3----------------------- if ($_[0] eq 9){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 138){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 177){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 206){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 110){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 152){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 155){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 168){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 171){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 179){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 182){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 190){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 191){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 195){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 204){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 128){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 130){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 141){ $_ = 52;} if ($_[0] eq 33){ $_ = 52;} #**************************** if ($_[0] eq 38){ $_ = 52;} #**************************** #---------------------4----------------------- if ($_[0] eq 205){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 62){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 63){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 131){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 29){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 64){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 65){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 135){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 161){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 180){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 198){ $_ = 48;} if ($_[0] eq 113){ $_ = 48;} #---------------------5----------------------- if ($_[0] eq 67){ $_ = 44;} #---------------------6----------------------- if ($_[0] eq 68){ $_ = 42;} #---------------------7----------------------- if ($_[0] eq 12){ $_ = 40;} #---------------------8----------------------- if ($_[0] eq 69){ $_ = 38;} if ($_[0] eq 123){ $_ = 38;} if ($_[0] eq 169){ $_ = 38;} if ($_[0] eq 154){ $_ = 38;} if ($_[0] eq 73){ $_ = 38;} if ($_[0] eq 139){ $_ = 38;} #**************************** if ($_[0] eq 120){ $_ = 38;} #**************************** #---------------------9----------------------- if ($_[0] eq 0){ $_ = 36;} if ($_[0] eq 21){ $_ = 36;} if ($_[0] eq 157){ $_ = 36;} #----------------------10---------------------- if ($_[0] eq 186){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 192){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 194){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 197){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 72){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 10){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 49){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 71){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 128){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 144){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 176){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 178){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 181){ $_ = 35.67;} if ($_[0] eq 153){ $_ = 35.67;} #-----------------------11--------------------- if ($_[0] eq 57){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 124){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 74){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 211){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 16){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 189){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 81){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 70){ $_ = 35.34;} if ($_[0] eq 127){ $_ = 35.34;} #-----------------------12--------------------- if ($_[0] eq 116){ $_ = 35;} if ($_[0] eq 14){ $_ = 35;} if ($_[0] eq 59){ $_ = 35;} if ($_[0] eq 52){ $_ = 35;} if ($_[0] eq 37){ $_ = 35;} #-----------------------13--------------------- if ($_[0] eq 196){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 47){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 46){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 51){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 75){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 76){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 3){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 156){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 164){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 183){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 187){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 84){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 159){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 100){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 115){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 117){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 119){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 101){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 200){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 80){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 140){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 58){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 82){ $_ = 34.68;} if ($_[0] eq 86){ $_ = 34.68;} #-----------------------14--------------------- if ($_[0] eq 43){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 15){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 50){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 35){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 39){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 79){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 28){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 32){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 149){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 151){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 167){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 173){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 77){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 78){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 166){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 83){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 99){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 53){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 137){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 54){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 170){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 146){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 31){ $_ = 34.35;} if ($_[0] eq 85){ $_ = 34.35;} #-----------------------15-------------------- if ($_[0] eq 136){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 126){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 162){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 212){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 19){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 23){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 55){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 114){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 174){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 163){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 143){ $_ = 34;} if ($_[0] eq 7){ $_ = 34;} #-----------------------16-------------------- if ($_[0] eq 122){ $_ = 33.69;} if ($_[0] eq 183){ $_ = 33.69;} if ($_[0] eq 107){ $_ = 33.69;} if ($_[0] eq 102){ $_ = 33.69;} if ($_[0] eq 121){ $_ = 33.69;} #**************************** if ($_[0] eq 103){ $_ = 33.69;} #**************************** #-----------------------17-------------------- if ($_[0] eq 4){ $_ = 33.36;} if ($_[0] eq 132){ $_ = 33.36;} #-----------------------18-------------------- if ($_[0] eq 36){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 129){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 145){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 207){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 208){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 41){ $_ = 33;} if ($_[0] eq 42){ $_ = 33;} #-----------------------19-------------------- if ($_[0] eq 108){ $_ = 32.5;} #-----------------------20--------------------- if ($_[0] eq 56){ $_ = 32;} #-----------------------21--------------------- if ($_[0] eq 87){ $_ = 28;} if ($_[0] eq 185){ $_ = 28;} if ($_[0] eq 199){ $_ = 28;} if ($_[0] eq 193){ $_ = 28;} if ($_[0] eq 209){ $_ = 28;} #-----------------------22-------------------- if ($_[0] eq 1){ $_ = 24;} #-----------------------23-------------------- if ($_[0] eq 105){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 88){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 89){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 90){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 91){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 92){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 93){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 94){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 104){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 111){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 118){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 125){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 133){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 134){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 142){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 147){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 148){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 150){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 158){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 160){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 165){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 172){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 175){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 184){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 188){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 201){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 202){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 203){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 210){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 17){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 20){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 25){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 44){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 95){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 96){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 97){ $_ = 20;} if ($_[0] eq 98){ $_ = 20;} #-----------------------24-------------------- if ($_[0] eq 22){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 26){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 34){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 40){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 45){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 48){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 5){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 8){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 24){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 6){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 18){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 13){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 30){ $_ = 16;} if ($_[0] eq 11){ $_ = 16;} #**************************** if ($_[0] eq 112){ $_ = 16;} #**************************** #-----------------------25-------------------- if ($_[0] eq 106){ $_ = 10;} if ($_[0] eq 27){ $_ = 10;} if ($_[0] eq 109){ $_ = 10;} if ($_[0] eq 110){ $_ = 10;} # The Alu families from RepBase #-----------------------26-------------------- if ($_[0] eq 213){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 214){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 215){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 216){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 217){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 218){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 219){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 220){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 221){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 222){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 223){ $_ = 4;} if ($_[0] eq 224){ $_ = 4;} return $_; };